Selain usianya yang diduga jauh lebih tua, didasarkan pada keterkaitannya dengan Kerajaan Kanjuruhan, terdapat ciri khas lain yang membedakan Candi Badhut dari candi lain di Jawa Timur, yaitu pahatan kalamakara yang menghiasi ambang pintunya. Pada umumnya relief kepala raksasa yang terdapat di candi-candi Jawa Timur dibuat lengkap dengan rahang bawah, namun kalamakara yang terdapat di Candi Badhut dibuat tanpa rahang bawah, mirip dengan yang didapati pada candi-candi di Jawa tengah. Tubuh candi Badhut yang tambun juga lebih mirip dengan candi di Jawa Tengah. Candi ini juga memiliki kemiripan dengan Candi Dieng (di Jawa Tengah) dalam hal bentuk serta reliefnya yang simetris. Candi Badhut diyakini sebagai candi Syiwa, walaupun sampai saat ini belum ditemukan arca Agastya di dalamnya.
Bangunan yang terbuat dari batu andesit ini berdiri di atas batur setinggi sekitar 2 m. Batur ini sangat sederhana, tanpa hiasan relief, membentuk selasar selebar sekitar 1 m di sekeliling tubuh candi. Di sisi kanan bagian depan batur terdapat pahatan tulisan Jawa (hanacaraka) yang tidak jelas waktu pembuatannya.
Tangga menuju selasar di kaki candi terletak di sisi barat, tepat di hadapan pintu masuk ke ruang utama di tubuh candi. Pada bagian luar dinding pengapit tangga terdapat ukiran yang sudah tidak utuh lagi, namun masih terlihat adanya pola sulur-sulur yang mengelilingi sosok orang yang sedang meniup seruling. Jalan masuk ke garba grha (ruang dalam tubuh candi) dilengkapi dengan bilik penampil sepanjang sekitar 1,5 m. Pintu masuk cukup lebar dengan hiasan kalamakara di atas ambang pintu.
Dalam tubuh candi terdapat ruangan seluas sekitar 5,53 x 3,67 meter2. Di tengah ruangan tersebut terdapat lingga dan yoni, yang merupakan lambang kesuburan bagi. Pada dinding di sekeliling ruangan terdapat relung-relung kecil yang tampaknya semula berisi arca.
Candi ini pernah dipugar di tahun 1925 – 1926, akan tetapi banyak bagian yang sudah hilang atau belum dapat dikembalikan ke bentuk asalnya. Atap bangunan utama, misalnya, saat ini sudah tidak ada di tempatnya. Hanya pelipit di sepanjang tepi atas dinding yang masih tersisa.
Di bagian barat pelataran, yaitu di sisi kiri dan kanan halaman depan bangunan candi yang yang sudah dipugar, terdapat fondasi bangunan lain yang masih belum dipugar. Masih banyak onggokan batu di sekeliling pelataran candi yang belum dapat di kembalikan ke tempatnya semula.